吸入結晶硅是有害于肺，引起矽肺。非晶二氧化硅具有毒性低，但長期吸入到肺部引起的變化。硅藻土主要是非晶硅，但具有一定的結晶二氧化硅，尤其在咸水形式。在工人的研究中，那些暴露于天然產物在過去的5年中沒有顯著的肺的變化，而有了那些暴露在煅燒后形成40%塵肺。今天的共同產物配方作為他們主要是由非晶硅和二氧化硅結晶含有很少或根本沒有安全。

對產物結晶二氧化硅含量的調節，在美國由職業安全與健康管理局（OSHA），還有從準則美國國家職業安全與健康研究所設置在產品允許的大量（1%），在工人的呼吸區域的空氣，以推薦的暴露限值在6 毫克/米三在8小時工作日。OSHA設定允許暴露極限硅藻土作為20 mppcf（80 毫克/立方米）。在3000 毫克/立方米的水平，硅藻土對生命和健康有立即危險。

在上世紀30年代，長期暴露在石英D.E.產業工人暴露于高水平的空氣結晶二氧化硅在幾十年中被發現的風險增加了矽肺。

今天，工人需要使用呼吸防護措施時，矽塵濃度超過允許水平。

硅藻土生產池過濾器具有很高的熱處理（煅燒）和熔劑（蘇打灰），使原本無害的無定形二氧化硅承擔其結晶形式。

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